سالها بعد در سال 1236 میلادی شاه فرناندو سوم و نیروهایش این شهر را فتح کردند و در اولی مبادرت درفش خویش را بر منارههای مسجد جامع کوردوبا برافراشتند. در منفعت با ورود دوباره مسیحیان و قدرت گرفتنشان آهسته آهسته صورت مسجد به کلیسا تبدیل شد.
از نگاه حالت مکانی این مسجد در بخش جنوب غربى شهر کودوبا، اسپانیا تشریفات ترحیم مشهد ، و در نزدیکى رود تبارک «الوادى» قراردارد که ۴ کوچه باریک از چهار جهت آن را در برگرفتهاند. این بنای تاریخی، بیشتر با طاقهای بزرگی شناخته میگردد که به طاقهای کلیسای جامع آخن (Aachen) در آلمان مشابهاند. این طاقهای نعلاسبی با تزئینات اسلامی به شدت مسحورکنندهاند. همینطور ردیفهای مرمر شبستان که به 856 گزینه میرسند، جلوه و عظمتی خاص به آن بخشیدهاند. نصیب بزرگی از آنها از بقایای معابد رومی و یا این که بقیه ساختمانهای ویران گردیدهی رومی تاسیس شده است. از سایر خصوصیتهای خاص مسجد کودوبا ورودی اصلی آن میباشد که از تراس درختان پرتقال میگذرد. در بهار، بو شکوفههای این درختان یاروهمدم با تزئینات شگفتانگیز معماری آن، فضایی استثنایی را اخلاق و رفتار مینمایند.
مناره مسجد کودوبا نیز در نوع خویش بسیار جذاب میباشد. طول این مناره ۲۰ متر و نمای آن از سنگهاى مرمر نگارگری گردیده با نقشهاى اسلامى میباشد. در ضلع جنوبی مسجد، مناره دیگرى به ارتفاع ۱۲ متر و طول ۹۳ متر که از ۵ طبقه ساخته شده میباشد قرار دارد. درین مناره ۱۹ درب از مال مس و یک گنبد وجود دارااست که بر روى ۳۶۵ ردیف مرمرى باز میشوند. همینطور این مسجد داراى یکهزار و ۲۹۳ ردیف از مال مرمر بوده که از این تعداد فقط یکهزار و ۹۳ ردیف باقى باقیمانده میباشد میباشد. جهت نور مسجد نیز از 4700 چلچراغ جهت نورپردازی به کارگیری میگردد.