زیرا قایتبای از این رخداد باخبر شد نماینده خویش را بنام امیر سنقر جمالی همدم با معماران و آلات و اثاثیه ساختمانی و دارایی کافی به سوی مدینه بسیج نمود و دستورداد که در تجدید بنای مسجد از هیچ امر و هزینه ای کوتاهی نورزند . سلطان اشرف قایتبای که در سالهای 872/901 قمری بر قلمروی ممالیک، حکمروایی تشریفات ترحیم مشهد می کرده، دراین نحوه به حدی نیروی کار و استاد کار و وسایل و مصالح ساختمانی ارسال داشته بود که مورخان به تفاوت از وصف آن حکایات، ارقام عجیبی را نقل کرده اند ...
درین بازسازی مناره رئیسه را بازسازی کردند و دیوارهای مسجد را از اساس مرمت ، محراب عثمانی را گسترش بخشیدند، ردیف ها را احیاء کردند و سقف ها را به استحکام برافراشتند و گنبدی برفراز محراب عثمان سازه نمودند و از دور و اطراف با سه گنبد دیگر که به مجارید پر اسم و رسم بودند ، زینت و استحکام بخشیدند. دو گنبد در مدخل باب السلام برپا شد و نماسازی مسجد به نحوی کامل شکل عهده دار شد و آنچه که از کتاب ها و مصاحف سوخته بود از میهن های اسلامی عده و وقف دوباره مسجد کردند. این اهتمام به محدوده بنای مسجد محصور خلا، دور و بر مسجد را با تأسیس رباط ، مکتب ، آشپزخانه و منش سازی ، رونق داد . موقوفات متعددی تصویب و ضبط شوید و با ارایه تجهیزات شهری و کنسل زیر میزی مالیات به رفاه اکنون اهل مدینه تلاش گماشتند.
این تعمیرات در سال 888 قمری به آخر رسید. و پادشاه قایتبای خویش در سال 889 قمری به زیارت و دیدار سازه عازم مدینه شوید . کتاب های ذی قیمتی را در موضوعات متفاوت علم ها اسلامی با خویش آورد تا نثار کتابخانه مسجدالنبی (صلی الله علیه و آله و سلم) نماید و از خیرات و مبرات ، همتی تبارک از خویش نشانه بخشید .
سمهودی که خویش در همین روز ها در مدینه بسر می برده ، می نویسد: « طبق دیدگاه ها کارشناسان ، شاه قایتبای در این کارها بیش تر از یکصد و بیست هزار دینار پرداخت کرده بود » .
در 28 صفر سال 898 قمری مناره رئیسه مسجد دراثر رعدو برق ویران شد و توشه دیگر قایتبای ضمن فرمانی، آن را تعمیر و برپاساختند .
زیرا قایتبای از این رخداد باخبر شد نماینده خویش را بنام امیر سنقر جمالی همدم با معماران و آلات و اثاثیه ساختمانی و دارایی کافی به سوی مدینه بسیج نمود و دستورداد که در تجدید بنای مسجد از هیچ امر و هزینه ای کوتاهی نورزند . سلطان اشرف قایتبای که در سالهای 872/901 قمری بر قلمروی ممالیک، حکمروایی تشریفات ترحیم مشهد می کرده، دراین نحوه به حدی نیروی کار و استاد کار و وسایل و مصالح ساختمانی ارسال داشته بود که مورخان به تفاوت از وصف آن حکایات، ارقام عجیبی را نقل کرده اند ...
درین بازسازی مناره رئیسه را بازسازی کردند و دیوارهای مسجد را از اساس مرمت ، محراب عثمانی را گسترش بخشیدند، ردیف ها را احیاء کردند و سقف ها را به استحکام برافراشتند و گنبدی برفراز محراب عثمان سازه نمودند و از دور و اطراف با سه گنبد دیگر که به مجارید پر اسم و رسم بودند ، زینت و استحکام بخشیدند. دو گنبد در مدخل باب السلام برپا شد و نماسازی مسجد به نحوی کامل شکل عهده دار شد و آنچه که از کتاب ها و مصاحف سوخته بود از میهن های اسلامی عده و وقف دوباره مسجد کردند. این اهتمام به محدوده بنای مسجد محصور خلا، دور و بر مسجد را با تأسیس رباط ، مکتب ، آشپزخانه و منش سازی ، رونق داد . موقوفات متعددی تصویب و ضبط شوید و با ارایه تجهیزات شهری و کنسل زیر میزی مالیات به رفاه اکنون اهل مدینه تلاش گماشتند.
این تعمیرات در سال 888 قمری به آخر رسید. و پادشاه قایتبای خویش در سال 889 قمری به زیارت و دیدار سازه عازم مدینه شوید . کتاب های ذی قیمتی را در موضوعات متفاوت علم ها اسلامی با خویش آورد تا نثار کتابخانه مسجدالنبی (صلی الله علیه و آله و سلم) نماید و از خیرات و مبرات ، همتی تبارک از خویش نشانه بخشید .
سمهودی که خویش در همین روز ها در مدینه بسر می برده ، می نویسد: « طبق دیدگاه ها کارشناسان ، شاه قایتبای در این کارها بیش تر از یکصد و بیست هزار دینار پرداخت کرده بود » .
در 28 صفر سال 898 قمری مناره رئیسه مسجد دراثر رعدو برق ویران شد و توشه دیگر قایتبای ضمن فرمانی، آن را تعمیر و برپاساختند .